أثار الدكتور مصطفى محمود بعض الجدل حول بعض كتاباته التي اعتبرها البعض تجاوزًا لخطوط حمر في بعض القضايا والثوابت الشرعية غير أنه سعى في نهايات كتاباته إلى الحديث الإيماني والروحاني فيما خفتت أصوات النقد له وغاب كثيرًا عن الحياة البحثية بمرضه الطويل.
وتعرض الدكتور مصطفى محمود لانتقادات كثيرة كان أولها عندما قدم للمحاكمة بسبب كتابه (الله والإنسان) وطلب رئيس مصر الأسبق جمال عبد الناصر بنفسه تقديمه للمحاكمة بناء على طلب الأزهر باعتبارها قضية كفر ، إلا أن المحكمة اكتفت بمصادرة الكتاب, بعد ذلك أبلغه الرئيس السادات أنه معجب بالكتاب وقرر طبعه مرة أخرى.
ولم ينصره فى هذا الموقف سوى" نصر فريد واصل" مفتى الجمهوريةالسابق الذى أكد أن مصطفى محمود رجل علم ومشهود له بالغيرة على الإسلام.
تحميل كتاب الله والإنسان